Comment indexer des documents ?

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    Isabelle MASSART
= Comment indexer des documents ? =
 
L’indexation se fait à partir de Prodinra quand on est identifié (voir la partie [[Utilisation de l’onglet indexation de Prodinra>>doc:Onglet indexation de Prodinra]])
 
Le but de l’indexation documentaire est de retrouver le document lors d’une recherche documentaire, parmi les réponses pertinentes à une question ou d’exploiter les données de description des documents (bibliométrie). Les mots clés choisis doivent être le plus précis possible (voir plus bas pour les termes génériques) d’un nombre minimum de 5 (max 20) et sont sélectionnés en répondant en quelques mots aux questions :
 
* De quoi traite ce document ?
* A quelles questions donnera-t-il une réponse pertinente ?
 
mais aussi :
 
* Qu’est-ce qui le différencie des autres documents de la base ?
* Quels sont ses points communs avec certains d’entre eux ? (d’où la nécessité d’une bonne connaissance de la base),
 
et encore :
 
* En quoi peut-il intéresser les lecteurs ? (d’où la nécessité de bien connaître les besoins des utilisateurs en étant régulièrement confronté aux questions posées par ceux-ci)
 
Pour cela il faut lire les éléments suivants du texte intégral des documents :
 
* les titres et sous-titres
* les introductions et conclusions
* le résumé
* les mots clés mis par les auteurs
* le sommaire (si ce n’est pas un article)
* les titres des illustrations (graphiques et tableaux)
 
== Le processus de l’indexation ==
 
**Le processus d'indexation comporte deux étapes** :
 
 
1. Repérer les concepts du document pertinents pour l’indexation.
1. Saisie des termes traduits dans l'outil d'indexation
 
Ces deux étapes sont décrites dans les exemples d'indexation ci-dessous.
 
== Quelques règles à savoir ==
 
**Utiliser les outils indexation dans Prodinra et l'interface de consultation du référentiel**
 
L’onglet indexation de Prodinra permet de chercher le mot clé en anglais, le mot clé français étant automatiquement proposé pour l’indexation.
 
L'[[interface de consultation du référentiel>>url:https://intranet-gestion-mots-cles.inra.fr/accueilConsultMC.action]] permet avec le menu consulter de vérifier si le mot clé existe en tapant les premières lettres
 
 
 
**Saisie de termes génériques**
 
Il est pertinent et conseillé de saisir des termes génériques. L’exemple 1 devra être indexé avec Mont Ventoux mais aussi avec Vaucluse et France.
 
Dans Prodinra : le moteur de recherche trouvera les termes spécifiques à partir de la relation générique spécifique. Lorsque les notices sont exportées au format xml dans un autre outil pour des analyses bibliométriques par exemple, les mots clés génériques, associés et traduits seront pas exportés.
 
**Saisie des noms latins / français**
 
VOCINRA propose comme terme prioritaire (le descripteur) le nom latin d’un organisme vivant. Le nom français est en terme associé. Il n’est pas possible de saisir le nom français
 
Dans Prodinra : le moteur de recherche établira la relation entre le nom latin et le nom français, même si l’utilisateur lance sa recherche sur les mots clés avec le nom français.
 
**Lors de l’export de notices** : il y aura que les noms latins et le nom français, homogénéisés qui seront exportés pour une analyse.
 
Il est possible d’indexer avec un nom français (exemple : salade, abeille, ...) quand l’espèce n’est pas mentionnée dans le le document.
 
**Les termes traduits** dans d’autres langues ne sont pas présents pour tous les descripteurs. Ils sont rajouté systématiquement pour les nouvelles propositions.
 
 
== Exemples d’indexation ==
 
Les **termes en rouge ** de la notice sont ceux que l’on peut utiliser pour l’indexation
 
=== Exemple 1 ===
 
[[http:~~/~~/prodinra.inra.fr/record/280901>>url:http://prodinra.inra.fr/record/280901]]
 
Titre : (% style="color: rgb(255, 0, 0);" %)Phenotypic plasticity (%%)toward (% style="color: rgb(255, 0, 0);" %)water regime(%%): (% style="color: rgb(255, 0, 0);" %)response(%%) of (% style="color: rgb(255, 0, 0);" %)leaf growth(%%) and underlying (% style="color: rgb(255, 0, 0);" %)candidate genes(%%) in (% style="color: rgb(255, 0, 0);" %)Populus(%%).
 
journal : Physiologia Plantarum,
 
Bizet, F., Bogeat-Triboulot, M.-B., Montpied, P., Christophe, A., Ningre, N., Cohen, D., Hummel, I. (2015). n/a-n/a. DOI : 10.1111/ppl.12271
 
Résumé : (% style="color: rgb(255, 0, 0);" %)Phenotypic plasticity(%%) is considered as an important mechanism for plants to cope with environmental challenges. (% style="color: rgb(255, 0, 0);" %)Leaf growth(%%) is one of the first macroscopic processes to be impacted by modification of (% style="color: rgb(255, 0, 0);" %)soil water availability(%%). In this study, we intended to analyze and compare plasticity at different scales. We examined the differential effect of (% style="color: rgb(255, 0, 0);" %)water regime(%%) (optimal, moderate water deprivation and recovery) on growth and on the expression of (% style="color: rgb(255, 0, 0);" %)candidate genes(%%) in leaves of different growth stages. Candidates were selected to assess components of growth response: (% style="color: rgb(255, 0, 0);" %)abscisic acid(%%) signaling, water transport, cell wall modification and stomatal development signaling network. At the tree scale, the four studied (% style="color: rgb(255, 0, 0);" %)poplar hybrids(%%) responded similarly to water regime. Meanwhile, leaf growth response was under (% style="color: rgb(255, 0, 0);" %)genotype × environment interaction(%%). Patterns of candidate gene expression enriched our knowledge about their functionality in poplars. For most candidates, transcript levels were strongly structured according to leaf growth performance while response to water regime was clearly dependent on genotype. The use of an index of plasticity revealed that the magnitude of the response was higher for gene expression than for macroscopic traits. In addition, the ranking of poplar genotypes for (% style="color: rgb(255, 0, 0);" %)macroscopic traits(%%) well paralleled the one for gene.
 
**Mots à conserver pour l’indexation**
 
Phenotypic plasticity
 
water regime
 
response (growth)
 
leaf growth
 
candidate genes
 
abscisic acid
 
poplar hybrids
 
Populus
 
soil water availability
 
genotype × environment interaction.
 
macroscopic traits
 
 
**Résultats de l’indexation**
 
 
Pour indexer on recherche les mots clés dans l’indexation de Prodinra en entrant les premières lettres du terme français . Si on a saisi les premières lettres d’un mot dans une autre langue que le français, le mot équivalent en français sera automatiquement proposé. voir “Utilisation de l’onglet indexation de Prodinra”.
 
Phénomène, processus et fonction(% style="color: rgb(0, 0, 0);" %) :[[ plasticité phénotypique>>url:http://prodinra.inra.fr/?locale=fr#%21Result:kw:%28plasticit%C3%A9+ph%C3%A9notypique%29%7Csort=%7BDATE_DESC%7D||style="color: rgb(0, 0, 0);"]] ;[[ disponibilité en eau>>url:http://prodinra.inra.fr/?locale=fr#%21Result:kw:%28disponibilit%C3%A9+en+eau%29%7Csort=%7BDATE_DESC%7D||style="color: rgb(0, 0, 0);"]] ;[[ croissance végétale>>url:http://prodinra.inra.fr/?locale=fr#%21Result:kw:%28croissance+v%C3%A9g%C3%A9tale%29%7Csort=%7BDATE_DESC%7D||style="color: rgb(0, 0, 0);"]] ;[[ croissance foliaire>>url:http://prodinra.inra.fr/?locale=fr#%21Result:kw:%28croissance+foliaire%29%7Csort=%7BDATE_DESC%7D||style="color: rgb(0, 0, 0);"]] ;[[ interaction génotype environnement>>url:http://prodinra.inra.fr/?locale=fr#%21Result:kw:%28interaction+g%C3%A9notype+environnement%29%7Csort=%7BDATE_DESC%7D||style="color: rgb(0, 0, 0);"]]
 
(% style="color: rgb(0, 0, 0);" %)Objet d'étude :[[ populus>>url:http://prodinra.inra.fr/?locale=fr#%21Result:kw:%28populus%29%7Csort=%7BDATE_DESC%7D||style="color: rgb(0, 0, 0);"]] ;[[ eau du sol>>url:http://prodinra.inra.fr/?locale=fr#%21Result:kw:%28eau+du+sol%29%7Csort=%7BDATE_DESC%7D||style="color: rgb(0, 0, 0);"]] ;
 
(% style="color: rgb(0, 0, 0);" %)Composé chimique, Facteur du milieu :[[ teneur en eau, >>url:http://prodinra.inra.fr/?locale=fr#%21Result:kw:%28teneur+en+eau%29%7Csort=%7BDATE_DESC%7D||style="color: rgb(0, 0, 0);"]][[gène candidat>>url:http://prodinra.inra.fr/?locale=fr#%21Result:kw:%28g%C3%A8ne+candidat%29%7Csort=%7BDATE_DESC%7D||style="color: rgb(0, 0, 0);"]], acide abscisique
 
\\
 
=== Exemple 2 ===
 
[[http:~~/~~/prodinra.inra.fr/record/273469>>url:http://prodinra.inra.fr/record/273469]]
 
Titre : Effets de la (% style="color: rgb(255, 0, 0);" %)dispersion du pollen(%%) à longue distance sur les (% style="color: rgb(255, 0, 0);" %)capacités d'adaptation(%%) de populations de (% style="color: rgb(255, 0, 0);" %)hêtre commun(%%) le long d'un (% style="color: rgb(255, 0, 0);" %)gradient altitudinal
 
Thèse de doctorat.
 
Résumé : La rapidité du (% style="color: rgb(255, 0, 0);" %)changement climatique (%%)observé et prédit soulève la question de la vitesse à laquelle les espèces pourront s'adapter au climat futur. Les populations exposées aux changements de conditions environnementales peuvent s'adapter sur place (sans migration) grâce, dans un premier temps, à la réponse plastique des individus, puis, à long terme, par la réponse à la sélection ((% style="color: rgb(255, 0, 0);" %)adaptation génétique(%%)). En situation d'environnement variable à la fois dans l'espace et le temps, les (% style="color: rgb(255, 0, 0);" %)flux de gènes(%%) peuvent faciliter la diffusion d'allèles bénéfiques entre populations. L'objectif de cette thèse est d'étudier expérimentalement l'interaction entre adaptation et (% style="color: rgb(255, 0, 0);" %)dispersion pollinique(%%) à longue distance sur un (% style="color: rgb(255, 0, 0);" %)gradient altitudinal(%%) de hêtre commun ((% style="color: rgb(255, 0, 0);" %)Fagus sylvatica(%%)). Cette étude a été conduite à partir de trois populations de hêtre sur le versant Nord du (% style="color: rgb(255, 0, 0);" %)Mont-Ventoux(%%) (de 900 m à 1400 m d'altitude). Douze (% style="color: rgb(255, 0, 0);" %)traits fonctionnels(%%) (phénologiques, physiologiques et morphologiques) potentiellement adaptatifs ont été mesurés sur 60 descendances maternelles issues de ces populations (20 mères/population, 100 individus/mère) et placées en pépinière. Les résultats de cette thèse montrent que (i) les forts taux de pollen immigrant reçus par les populations (m = 56 %) n'empêchent pas l'émergence de patrons de différenciation adaptative, (ii) la sélection érode la (% style="color: rgb(255, 0, 0);" %)variance génétique(%%) des (% style="color: rgb(255, 0, 0);" %)traits(%%), (iii) malgré l’existence de variance génétique pour tous les traits, les (% style="color: rgb(255, 0, 0);" %)covariances génétiques(%%) entre traits peuvent affecter les taux et directions d'évolution future, et (iv) les (% style="color: rgb(255, 0, 0);" %)flux de pollen(%%) contribuent à augmenter la variance génétique totale au sein des populations. Finalement, les populations à moyenne et hautes altitudes pourraient avoir les capacités de s’adapter au climat futur.
 
 
**Mots à conserver pour l'indexation **
 
changement climatique
 
adaptation génétique
 
flux de gènes
 
dispersion pollinique
 
gradient altitudinal
 
Fagus sylvatica
 
Mont-Ventoux
 
variance génétique
 
traits fonctionnels
 
covariances génétiques
 
flux de pollen
 
**Résultats de l’indexation **
 
Question sociétale et finalité, contexte : [[changement climatique>>url:http://prodinra.inra.fr/?locale=fr#!Result:kw:(changement+climatique)%7Csort=%7BDATE_DESC%7D]]
 
Objet d'étude : [[fagus sylvatica>>url:http://prodinra.inra.fr/?locale=fr#!Result:kw:(fagus+sylvatica)%7Csort=%7BDATE_DESC%7D]]
 
Localisation géographique : [[mont ventoux>>url:http://prodinra.inra.fr/?locale=fr#!Result:kw:(mont+ventoux)%7Csort=%7BDATE_DESC%7D]] ; [[vaucluse>>url:http://prodinra.inra.fr/?locale=fr#!Result:kw:(vaucluse)%7Csort=%7BDATE_DESC%7D]] ; [[france>>url:http://prodinra.inra.fr/?locale=fr#!Result:kw:(france)%7Csort=%7BDATE_DESC%7D]]
 
Phénomène, processus et fonction : [[adaptation au climat>>url:http://prodinra.inra.fr/?locale=fr#!Result:kw:(adaptation+au+climat)%7Csort=%7BDATE_DESC%7D]] ; [[dispersion de pollen>>url:http://prodinra.inra.fr/?locale=fr#!Result:kw:(dispersion+de+pollen)%7Csort=%7BDATE_DESC%7D]] ; [[flux de gènes, >>url:http://prodinra.inra.fr/?locale=fr#!Result:kw:(flux+de+gènes)%7Csort=%7BDATE_DESC%7D]][[trait fonctionnel>>url:http://prodinra.inra.fr/?locale=fr#!Result:kw:(trait+fonctionnel)%7Csort=%7BDATE_DESC%7D]], adaptation génétique
 
Dispositif technique et méthode d'étude : [[variance génétique >>url:http://prodinra.inra.fr/?locale=fr#!Result:kw:(variance+génétique)%7Csort=%7BDATE_DESC%7D]], covariance génétique
 
Echelle d'étude : [[population forestière>>url:http://prodinra.inra.fr/?locale=fr#!Result:kw:(population+forestière)%7Csort=%7BDATE_DESC%7D]]
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